Tajna knjiga, apokrifon, mogla je da se, u izvesnim društvenim okolnostima slobodno čita i širi, ali je njeno razumevanje i suštinska poruka bila pristupačna samo onima s neophodnim poznavanjem, to jest posvećenicima. Istovremeno se pojavljuju i procesi suzbijanja ovakve literature, shodno ciljevima i potrebama onog ko takve procese sprovodi. Ne samo da je ovakva literatura bila zabranjivana, nego je i njeno držanje bilo osnov za progon. Sve ovo odnosi se na sva vremena i sve društvene sisteme, i jedva da je ikad dolazilo do odustajanja od ovakvog postupanja.

Apokrif (od grčkog ἀπόκρυφος) je, u najkraćem, tajna stvar, nešto tajanstveno, nejasno i skriveno. U užem smislu odnosi se na biblijske i, posebno, novozavetne tekstove izvan kanona. Apokrifne knjige pojavile su se ubrzo posle povratka Jevreja iz vavilonskog ropstva. Shodno Talmudu, one knjige koje ne ulaze u hebrejski kanon (Tanah ili Hebrejska Biblija), označene su kao apokrifne (u hrišćanskom smislu) i stoga zabranjene za narod. Posle Hristove delatnosti, crkva se suočila s krajnjom potrebom da odvoji kanonske od nekanonskih knjiga, što je inače poznati proces formiranja Novog zaveta, u koji, kao što se zna, ulazi 27 knjiga. Sve ostale su zabranjene apokrifne knjige raznih ranohrišćanskih sekti, jeretičkih pokreta, pobočnih jevrejskih i gnostičkih struja, koje koriste hrišćansku tematiku.

Posle uobličenja Novog zaveta, u koji je prihvaćeno četiri jevanđelja, do nas je, makar u ovom trenutku, stiglo oko 50 apokrifnih jevanđelja. Apokrifna literatura uveliko premašuje ovaj broj, i po žanru i po brojnosti. U apokrifnim knjigama autori su nastojali da okupe usmena predanja, koja su lako mogla da se zaborave, ili su opisivali događaje o kojima se u novozavetnim jevanđeljima nalaze samo šturi nagoveštaji ili uopšte nema pomena o njima. Razume se, autori niukoliko nisu smatrali svoja dela nečim zabranjenim i štetnim.

Raširenost i popularnost apokrifnih tekstova, i njihovo mešanje s kanonskim, bili su razlozi da crkva počne sa sastavljanjem spiskova apokrifnih knjiga, zabranjenih za upotrebu. Index, to jest razni oblici istovetnih zabrana, sastavljani su u razna vremena i za razne potrebe. Na primer, Katolički indeks zabranjene literature, formalno, potrajao je sve do ukidanja 1966. godine.

Gnostički tekstovi, kao fenomen povezan s religijskim pokretima, slobodno su se širili Sredozemljem sve do 2. veka, kad su ih ranohrišćanski crkveni oci prokazali kao jeres. Premda sam izraz gnosticizam spada u inovacije savremene nauke, počev od 19. veka, i uprkos raznolikosti među takozvanim gnostičkim grupama, ostaje nam da ga se zasad i dalje pridržavamo. Razmatranje gnostičke misli predmet je najozbiljnijeg proučavanja, uzbudljivo putovanje u rane dane hrišćanstva i rasplitanje zamršenog klupka religijskih, istorijskih i društvenih veza i sporova između hrišćanskih i gnostičkih mislilaca.

Na ovom mestu bilo bi dobro samo ukratko pobrajati najvažnije i najtipičnije elemente koji ukazuju na postojanje gnostičkog konteksta, čiji manje ili više vidljivi odblesci mogu da se prepoznaju u tri jevanđelja u ovom izdanju: Jevanđelju po Tomi, Jevanđelju po Mariji i Jevanđelju po Judi.

Broj tri je, izgleda, bio naročito omiljen među gnostičkim misliocima (znamo njihovu trihotomiju), premda ne može tačno da se odredi poreklo ovog zanimanja. Imajući u vidu neprekinut i stalni razvoj religija u oblasti istočnog Sredozemlja, tako krcatoj predanjima, legendama i mitovima, ne treba da iznenađuje istančana postupnost gnostičke teologije. U antičkom poimanju, broj tri je zaista poseban i naročito uzvišen, i gotovo uvek poprima više imena. Ovo trojstvo predstavlja: Jedan (jedini) – neimenovani u najuzvišenijim učenjima, Dva – Sofija ili mudrost, i Tri – Logos, Hermes, Hristos. Psihološki, postoje tri stadijuma u čovekovom uzdizanju, ili tri funkcije – intelektualna, emocionalna i psihička. Tako se, na primer, u Platonovoj Državi ukazuje na elemente razuma, duha i požude. Plutarh piše o tri dela čovekovog bića – telu, duši i umu. On dodaje da u smrtnom času, telo ostaje na zemlji, duša i um odlaze na Mesec, na kojem duša ostaje, a um odlazi na Sunce. Plutarhova  terminologija slična je ranohrišćanskom i gnostičkom učenju o telu (ὕλη), duši (ψυχή) i duhu (πνεῦμα), troslojnoj podeli koju je crkva kasnije svela na telo i dušu. Dosta od trismegističke literature preuzeto je iz izvornih grčkih tekstova, premda su kasnije tri uticaja nadvladala u ranim grčkim, hebrejskim i egipatskim izvornicima. Jevrejski uticaj bio je preko esena (reč je grčka, a ne hebrejska). Trismegist zatim dolazi pod uticaj ranohrišćanskih gnostika, od kojih mnogi preoblikuju velike delove ove literature kako bi odbranili sopstvena verovanja koja su bila proglašena jeretičkim. Platon je u svojim dijalozima, preko svog lika Sokrata, dušu smatrao jezgrom bića, budući da ona određuje njegovo ponašanje. Aristotel, sledeći svog učitelja Platona, definiše dušu kao jezgro bića, ali se protivi njenom odvojenom postojanju. Većina hrišćana posmatra dušu kao besmrtnu suštinu bića, kao lokus čovekove volje, razumevanja i karaktera, koju posle smrti Bog nagrađuje ili kažnjava. Različite hrišćanske grupe sporile su se oko toga da li ovo nagrađivanje i kažnjavanje zavisi pretežno od dobrih dela, ili od vere u Boga i Isusa. U ranim godina hrišćanstva (između 100. i 150. godine nove ere), gnostički hrišćanski učitelj Valentin propovedao je vrstu duhovne psihologije koja je bila u saglasnosti s drugim drevnim tradicijama mudrosti. On je preuzeo dualistički koncept iz Platonovog sveta o idealnim oblicima ili ispunjenosti (pleroma) i nižem svetu ili praznini (kenoma). Uvodeći treći koncept o kosmosu, koji je čulni, valentinski posvećenici mogli su da tumače Sveto pismo u svetlu ova tri aspekta postojanja. Valentin, gnostički učitelj iz sredine drugog veka, bio je među onim ranim hrišćanima koji su pokušavali da hrišćanstvo približe neoplatonizmu. Neoplatonizam je bio škola filosofije, oblikovana tokom trećeg veka. Iako utemeljena na učenjima Platona i platonista, ona tumači Platona na prilično nov način, tako da se u tom smislu neoplatonizam znatno razlikuje od onoga što je Platon pisao, iako mnogi neoplatonisti kažu da uče onome čemu je prethodno Platon podučavao. Prefiks neo (na grčkom, novo) dodali su ovovremeni naučnici kako bi razlikovali ovo dvoje, premda su sledbenici ove škole sebe smatrali platonistima. Neoplatonizam je konačno uobličen s filosofom Plotinom, koji je oštro napadao gnostike. Njegov učenik Porfirije, podelio je Plotinovo učenje na šest Eneada.

Starogrčki izraz za prazninu ili pustoš, kenoma (κένωμα), prema Teodotovom tumačenju Jevanđelja po Jovanu 1:3, predstavlja fizički svet suprotan pleromi. U gnostičkoj terminologiji, to je pustoš našeg sveta, carstvo koje odražava nihilističku prirodu i metafizičku neispunjenost. Ne čudi da su oci crkve, pozivajući se na kenomu, često optuživali gnostike da su nesposobni za izgradnju sveta ljubavi i vrline, a njihov svet opisivali su kao svet tame, pustoši i otuđenosti.

Pleroma (πλήρωμα) upućuje na sveukupnost Božije vlasti. Označava puninu, i u hrišćanskoj literaturi sreće se kod gnostika, ali i u Poslanici Kološanima 2:9. Gnostici su smatrali da svetom vladaju zli vladari (arhonti), i da su starozavetna božanstva držala čovekovu dušu u zatočeništvu. Nebeska pleroma je središte božanskog života, predeo svetla iznad našeg sveta, koji naseljavaju nebeska bića, kao što su eoni (večna bića) i povremeno arhonti. Eoni su emanacije Bita (Βυθός). Bit je istovremeno i prvo načelo i prapostojeći otac. Eoni ukazuju ne samo na svet emanacija, nego i na figure. Sofija, Logos i druga visoka načela su eoni. Odatle, Praizvor nije antropomorfni, nego, kako se širi u prostor i vreme, postaje sve više onaj koji se shvata, u najmanju ruku, u mitološkom smislu. Isus se, u gnostičkoj literaturi, pretežno smatra eonom, koji je poslat iz plerome, i preko njega čovečanstvo može da povrati izgubljeno saznanje o sopstvenom božanskom poreklu. Zbog toga, ovaj izraz postaje središnja tema u gnostičkoj kosmologiji.

Kosmos, razume se, potiče od grčke reči κόσμος, koja pored osnovnog značenja (okititi, jer je nebo izgledalo okićeno zvezdama) podrazumeva i učenje o uređenom svetu. Kada se koristi kao misao, tada obuhvata sve što postoji, poznato ili ne. Izvesni teolozi koriste ovaj izraz kako bi razlikovali stvoreni svet od Boga. Po gnostičkom shvatanju, postoji istinski, konačan i nenadmašan Bog, koji je iznad čitavog stvorenog sveta, i koji nikada ne stvara u doslovnom smislu. Iako nikada ne stvara, od Njega potiče tvar od koje je sazdan čitav svet, vidljiv i nevidljiv. Gnostici su, do izvesne mere, smatrali da je istinito reći da je sve na svetu Bog, budući da je nastalo od Božije tvari. Gnostičke ideje o pleromi i čoveku (ἄνθρωπος) sažimaju se u mitu o padu Sofije. U osnovi se nalazi izveštaj o Sofiji i načinu na koji ona, stvarajući svog naslednika, pokušava da bude nalik Ocu, ali budući da ne uspeva u tome, stvara tek izvesno niže biće.

Gnosticizam, kao pokret ili ideja, nije preživeo burne vekove u svom izvornom obliku, ali osim što danas postoji u sačuvanim tekstovima, apokrifnim knjigama i papirusima, postoji i u gnostičkim pokretima koji oživljavaju, naročito posle Drugog svetskog rata. Od 19. veka, na gnostičke teme i o gnosticizmu pisali su mnogi istaknuti autori, Helena Blavatska, Čarls King, Karl Gustav Jung, Ošo i drugi.